История Русской церкви
Митрополит Макарий получил наибольшую известность как учёный, автор капитальных трудов в области богословия и истории. Его главный исторический труд — «История Русской Церкви» в 12 томах (13-й не был закончен в связи с кончиной) был издан в 1883 (переиздан в 1994-1996).
Сочинение Митрополита Макария состоит из двух частей: 1) история христианства в пределах нынешней России до основания Русского царства (ок. 60-862) и 2) история христианства собственно в царстве Русском до происхождения Русской Церкви при равноапостольном князе Владимире (862-992). «Первую часть можно назвать только преддверием, последнюю — самым входом во святилище русской церковной истории».