«Добившись осуществления своих целей в отношении Кокандского ханства, царское правительство уделило все внимание утверждению господства над Бухарой. Положение в Бухарском ханстве было очень напряженным. Уже в первой половине 1868 г. в Бухаре и Самарканде, как в свое время и в Ташкенте, определились две группировки среди господствовавших кругов ханства. Бухарское духовенство и феодальная верхушка требовали от эмира решительных действий против России. Они делали ставку на старшего сына эмира Абдулмалика, по прозвищу Катта-тора, обвиняя Музаффара в слабости и вялости. Опираясь на многочисленных учеников мусульманских религиозных училищ, духовенство издало фетву (указ) о «священной войне» — газавате против Российской империи. Противоположную позицию занимало бухарское купечество, торговые и ремесленные слои Бухары и Самарканда. Заинтересованные в развитии экономических связей, они стремились к быстрейшему урегулированию конфликта. В борьбе этих группировок победа оказалась на стороне более могущественного духовенства и феодальной аристократии. В апреле 1868 г. возглавляемые эмиром бухарские войска вышли к р. Зеравшан, оставив в тылу у себя Самарканд. С востока туда подошли царские отряды под командованием Кауфмана. Эмир требовал возвращения Джизака и других занятых царскими войсками городов, а туркестанский генерал-губернатор настаивал на принятии Бухарским ханством договора об отказе от территориальных претензий и на выплате значительной контрибуции. Царь и Военное министерство одобрили наступательный план действий, предложенный Кауфманом. 1 мая 1868 г., ссылаясь на то, что эмир не отвел свои войска от Зеравшана в глубь бухарской территории, туркестанский генерал-губернатор отдал приказ о форсировании реки. В тот же день бухарская армия отступила. Русские войска без сопротивления овладели Самаркандом, откуда Кауфман послал донесение Александру II о взятии города.